Svi zračni napadi na Zadar u Drugom svjetskom ratu, koliko god ih je bilo, nisu imali tako razoran učinak kao tri naleta koncem 1943. i četiri početkom 1944. godine. To je ono što je uništilo Grad. Među njima su i oni od prije 75 godina, točnije 22. i 25. veljače te u noći s 3. na 4. ožujka 1944. godine. Prvo je 38 američkih liberatora sručilo na Grad 81 tonu bomba, tri dana kasnije 20 letećih tvrđava okomilo se s nepoznatom količinom eksploziva, a šest dana kasnije 25 wellingtona britanskoga RAF-a istreslo je usred noći 38 tona bomba (uključujući 11 komada od po dvije tone!). O napadu 25. veljače sačuvano je autentično svjedočanstvo fra Hugolina Didona iz Samostana sv. Frane. Dobri padre Ugo, kako su ga svi u Gradu zvali, među ostalim je (doslovno) zapisao:
„Malo prije podne neprijateljski avioni napali su grad. Malo je svijeta još bilo u gradu. Skoro su se svi građani bili zaklonili u razna okolišna mjesta na kopnu i na moru. Na Samostan su neprijatelji bacili tri bombe, od kojih jedna je pala ispred Crkve i otvorila jamu duboku više metara promjera. Pala je blizu crkve nešto više od metra od glavnih vrata Crkve. Da je još bliže pala, bila bi nastradala cijela Crkva (…)
Jedna je bomba pala u vrt tik uz zid skloništa sa strane juga. Da je pala još malo bliže bila bi porušila cijelo sklonište. U skloništu je tog časa bilo sakupljeno dosta svijeta. Svi su bili poplašeni, blijedi kao smrt i naprašeni. Bomba je stvorila u vrtu jamu više metara, možda i deset metara duboku, više metara promjera (…)
Treća je bomba dala smrtni udarac Samostanu. Ona je pala na krov Samostana i to povrh kapele sv. Antuna. Uništila je krilo povrh refektora i krilo povrh biblioteke. Skoro uništenih je bilo 36 soba sjemeništa i 5 soba ispod njega sa samostanskom Kapelicom. Nekoji su zidovi ipak ostali ali u takovom pogibeljnom stanju, da se moralo sve porušiti da se spasi život. U istom času udarca bombe jedan je dio zida pao sa sjeverne strane na terasu i porušio komad terase sa odnosnim lukovima i stupovima. Jedan je dio pao na krov Samostana sa zapadne strane i uništio ga je za više metara površine. Jedan je dio pao sa istočne strane na Crkvu povrh presbitera i otvorio veliku rupu povrh oltara sv. Antuna, palo kamenje razvalilo je komad presbitera. U Crkvi i u Samostanu sve je bilo isprevrtano. Sve su ruševine pale i napunile kapelu sv. Antuna, koja je ostala bez stropa. Biblioteka je bila napol uništena. Dobar je dio knjiga nastradao. Kapela i biblioteka pak i Samostan za vremena kiša bili su poplavljeni vodom.
Brda je ruševina bilo u klaustru, ispred kapele sv. Antuna, ispred Crkve, posvuda. Prigodom ovog bombardiranja ostale su mnogo oštećene orgulje. Poliptikon u sakristiji i Carpaccijeva slika u Crkvi ostali su netaknuti (…)
Ali je sakristija svakako bila u pogibelji i potom u pogibelji je bio i poliptikon, jer uslijed kiša voda je padala u izobilju i mogli su nastradati i poliptikon i dragocijenjeni ormari u njoj. Stoga je konzervatorski zavod došao u pomoć i isposlovao u Vlade potrebitu svotu da se povrh sakristije podigne krov, sagrade uništeni zidovi i povrh skala da se podigne sadašnji krov i odnosni zidovi. Za to su zaslužni Zadarski konzervatori prof. Suić i Grgo Oštrić. Na vrijeme se mislilo da se spase sve umjetnine, crkovno posuđe, inkonabuli i sve ostale dragocijene stvari naše Crkve i Samostana. Mnogo je toga bilo sahranjeno u vili Nadbiskupa Munzanija u Arbanasima i mnogo u Bokanjcu.
Iza svršetka je rata sve bilo povraćeno Samostanu i tako se sve spasilo. Da se sve to spasi ide zasluga Bratu Lajku Lauretanske Provincije i višegodišnjem članu ovoga Samostana Armandu Raponi. Za vrijeme okupacije grada sa strane Nijemaca bilo je naređeno od Vojničke Komande da svi građani, koji su bili još u gradu, moraju ostaviti bezodvlačno grad. Moralo se pokoravati i tako je grad ostao pust i pust je ostao i Samostan. Vojnici su onda ušli u Samostan i pljačkali sve što je bilo u njemu: vino, ulje, šećer, brašno, voštane svijeće i drugo”.