Od petnaestak crkava koje pripadaju šibenskim župama, u Domovinskom ratu stradala je katedrala sv. Jakova, kojoj je neprijatelj u rujnu 1991. godine teško oštetio kupolu, djelo znamenitog renesansnog majstora Nikole Firentinca. Kupola i drugi vanjski dijelovi sanirani su do 1998. godine. Opsežni radovi na unutrašnjosti katedrale započeli su 2012. i povremeno još traju.
Druge crkve nisu obnavljane i do 150 godina, pa su u novije doba trajali radovi na crkvi sv. Dominika, crkvi sv. Barbare, krovištu i zvoniku crkve sv. Ivana s velikim kamenim satom, donesenim iz Drniša kad je iz njega Turke otjerao generalni providur Dalmacije Leonardo Foscolo. Sat je poznat po svojem turskom kamenom uresnom motivu i drukčijem mjerenju vremena od uobičajenog.
Na kraju su na red došle i Nova crkva, njezin zvonik s čijeg se vrha odlomio i pao veliki zaglavni kamen koji je nosio metalni križ s vjetrokazom, te crkva sv. Frane, koja je i hrvatsko nacionalno svetište prvog hrvatskog sveca Nikole Tavelića. Uređuje se i pročelje crkve sv. Ivana.
Tako novom snagom sa šibenskih crkava zvone "Zvona moga grada", kako je to još u doba hrvatskoga proljeća zanosno pjevao Vice Vukov.
Radovi i na Novoj crkvi napokon se privode kraju, kazao nam je don Krešimir Meteša, župnik župe sv. Jakova. Izvodi ih tvrtka "Keran Co." iz Vodica, specijalizirana i za visoke gradnje. Oni su u vrijeme glavnih radova u katedrali postavili vrlo složenu mrežu skele od podnožja Prezbiterija i glavne lađe do svoda i do kupole, visoku trideset metara.
Uskoro će se skinuti i zaštitni zastor s pročelja crkve sv. Ivana, pa će i ona zasjati novim sjajem. Obnova tog iznimnog sakralnog i kulturnog blaga s katedralom pod zaštitom UNESCO-a financira se uz pomoć Ministarstva kulture RH, sredstvima Šibenske biskupije i iz drugih izvora. Šibenik se može dičiti svojim crkvama.